Việc đóng gói cơ số quân y phải được tuân thủ theo một quy trình thống nhất. Thông thường cơ số quân y được đóng gói tại các kho quân y cấp chiến dịch hoặc cấp chiến lược. Bao bì đóng gói cần phù hợp với tính chất và mục đích sử dụng, bảo đảm an toàn trong vận chuyển, chống được va đập, ít bị tác động của điều kiện thời tiết và thuận tiện mang vác, bốc xếp. Kinh nghiệm trong kháng chiến chống Mỹ, việc tiếp tế vật tư quân y từ hậu phương cho tiền tuyến chủ yếu là sử dụng cơ số nhằm bảo đảm thuận tiện trong dự trù, cấp phát, bảo quản. Tuy nhiên, đóng gói, bảo đảm bằng cơ số tốn kém hơn nhiều so với việc đóng gộp để cấp phát theo dự trù thường xuyên, nên thông thường cơ số thuốc được cấp phát sử dụng ngay thường đóng gói trong các bao bì đơn giản, sử dụng một lần; còn cơ số trang bị, dụng cụ, cơ số thuốc dự trữ sẵn sàng chiến đấu, phòng, chống dịch thường đóng gói trong các bao bì bền chắc, sử dụng lâu dài.